1) У прокариот нет ядра, а у эукариот есть.
2) У прокариот из органоидов имеются только рибосомы, а у эукариот, кроме рибосом, имеется множество других органоидов: митохондрии, ЭПС, клеточный центр, и т.д.
3) Клетка прокариот гораздо меньше клетки эукариот: по диаметру в 10 раз, по объему – в 1000 раз.