Государственный природный заповедник «Ростовский» имеет федеральный статус, собственную администрацию и охрану, подчиняется Федеральной службе в сфере природопользования, расположен в юго-восточной части Ростовской области. Интенсивное использование земель в европейских степях и дефицит сохранившихся целинных участков в Ростовской области заставил сформировать заповедник из 4 обособленных участков, находящихся в Орловском и Ремонтненском районах. Общая площадь заповедника составляет 9531.5 га. Участки условно именуются, начиная с западного из них: Островной, Стариковский, Краснопартизанский, Цаган-Хаг.
Островной участок находится в Орловском районе и занимает площадь 4591 га. Сюда входят расположенный в северо-западной оконечности озера Маныч-Гудило остров Водный (Южный), остров Горелый и прилегающая акватория озера, а также 10 га материкового озерного берега, напротив восточной оконечности острова Водный, вокруг пионерлагеря, включая и пионерлагерь. Стариковский участок заповедника находится на востоке Орловского района. Его площадь составляет 2115,4 га. Краснопартизанский участок располагается в 5 км на юго-восток от Стариковского участка в Ремонтненском районе. Общая площадь участка составляет 1768,4 га. Участок Цыган-Хак расположен на юге Ремонтненского района. Его площадь составляет 990,0 га. Представляет собой солончак, весной залитый водой. Границы участка в основном проходят на небольшом удалении от края солончака, которым является береговая линия соленого озера, местами сглаживая ее изгибы. Таким образом, в состав участка попадает несколько береговых мысов, покрытых степной растительностью.
Как для охраны, так и для научных исследований очень большое значение имеет создание вокруг заповедника охранной зоны. Общая площадь охранной зоны заповедника 74.350 тыс. га. В целях обеспечения надлежащей охраны мест скопления на пролетах большого количества водоплавающих и околоводных птиц, территория водного фонда озера Маныч-Гудило Островного участка и прилегающей материковой части охранной зоны входит в список территорий водно-болотных угодий международного значения Рамсарской конвенции подписанной Постановлением Правительства РФ в 1984 году. Сертификат водно-болотных угодий находится в администрации заповедника.