Вечером, возвращаясь с прогулки, (деепричастный оборот ( смотрел что делая? возвращаясь с прогулки) выделяем запятой всегда) Левитан долго смотрел на церковь, стоявшую рядом с часовенкой, (причастный оборот после определяемого слова. церковь какую? что делающую? - стоявшую рядом с часовенкой), на тёмные кресты погоста (вторая запятая ещё и потому что однородные члены предложения - смотрел на церковь, на кресты, бессоюзная связь), на заволжский лесной простор ( однородные члены предложения- смотрел на церковь, кресты, простор, бессоюзная связь), озарённые закатом. ( причастный оборот после определяемого слова выделяется запятой)(церковь, кресты, простор какие? - озарённые закатом.
Сосредоточенный, весь перевоплощённый в зрение, (однородные члены предложения - он какой? - сосредоточенный, весь перевоплощённый в зрение, бессоюзная связь), он уверенно наносит разноцветные мазки.
Из ближних домов, ( по-научному как сказать не знаю,но по-детски объяснить смогу. В данном предложении "здесь по-деревенски бедных" я выделяю запятыми, так как эту часть предложения если я "выкину", то смысл в предложении не меняется, такие части предложения выделяются запятыми) ) здесь по-деревенски бедных, пыльных (однородные члены предложения - бедных, пыльных, бессоюзная связь) выходили, приближались (однородные члены предложения - выходили приближались, бессоюзная связь) к художнику сумрачные рыбаки, мастеровые (однородные члены предложения - рыбаки, мастеровые, бессоюзная связь) с засученными рукавами на маслянистых руках.