Сопротивление среды не учитываем.
Маятник в воздухе возвращается к вертикальному положению благодаря силе тяжести, а именно, её составляющей, направленной по касательной к траектории ("возвращающая сила").
В воде на маятник действует ещё архимедова сила, в результате возвращающая сила уменьшится, и период увеличится.