Чти сразу после воцарения Шуйского поползли слухи о том, что царевич Дмитрий жив. Один из его сторонников - Иван Исаевич Болотников - поднял осенью 1606 года народное восстание, охватившее более семидесяти городов юга и юго-запада России.
В 1607 году восстание Болотникова было разгромлено. В этом же году Василий Шуйский для того, чтобы заручиться дальнейшей поддержкой бояр и консолидировать силы господствующего класса, издал «Уложение о крестьянах», которое историки охарактеризовали как «твёрдое начало крепостного права».
Однако ещё в августе 1607 года началась новая польская интервенция. В июне 1608 года Лжедмитрий II обосновался в селе Тушино под Москвой. Это послужило началом новой осады Москвы. Постепенно власть Лжедмитрия усиливалась, и в стране фактически установилось двоевластие.
С целью противостояния «тушинскому вору» царь Василий заключил в феврале 1608 года договор со Швецией, согласно которому шведские войска взяли обязательство выступить на стороне русского царя в обмен на владение Карельской волостью. Такой поступок вызвал естественное недовольство со стороны различных слоёв населения. Кроме того, он нарушал заключённые ранее договорённости с поляками и давал польскому королю Сигизмунду III повод для открытого вторжения.
С конца 1608 года началось народно-освободительное движение против польской интервенции. В этот период положение Шуйского стало довольно шатким. Но благодаря своему племяннику Скопину-Шуйскому, который командовал русско-шведскими войсками, царь смог дать отпор полякам. В марте 1610 года, тушинцы были повержены, Москва освобождена, а Лжедмитрий II бежал.