В основе фамилии Щербина лежит прозвище Щербак ( или Щербатый, Щербач) – так в Древней Руси называли человека, лишенный одного или нескольких передних зубов. В «Войне и мире» Л. Н. Толстого описан партизан Тихон Щербатый, прозванный так не зря: улыбка его открывала недостаток зуба. При образовании фамилии происходило выпадение конечных элементов прозвищ: -АК, -АТ, -АЧ, что явилось результатом исторических изменений в языке.
По другой из версий, эта фамилия восходит к нарицательному «щербатый», т. е. ущербный, человек с каким-либо физическим изъяном (например, с лицом, изрытым следами оспы, или без зуба и т. п.).