Наконец те, от кого Билли Бонс прячется, находят его; первого незваного гостя, мужчину с бледным, землистым лицом зовут Чёрный Пёс. Между Билли Бонсом и Черным Псом вспыхивает ссора, и Чёрный Пёс, раненный в плечо, спасается бегством. От пережитого волнения с Билли Бонсом случается апоплексический удар. Прикованный на несколько дней к постели, он признается Джиму, что служил штурманом у покойного капитана Флинта — прославленного пирата, чьё имя ещё недавно наводило ужас на мореплавателей. Старый штурман боится, что его бывшие сообщники, которые охотятся за содержимым его матросского сундука, пришлют ему чёрную метку — знак пиратского предупреждения.
Так и происходит. Ее приносит отталкивающего вида слепец по имени Пью. Когда тот уходит, Билли Бонс собирается бежать, но его больное сердце не выдерживает, и он умирает. Понимая, что в таверну скоро должны нагрянуть морские разбойники, Джим с матерью посылают односельчан за помощью, а сами возвращаются, чтобы взять из сундука умершего пирата причитающиеся им за постой деньги. Вместе с деньгами Джим забирает из сундука какой-то пакет.
Едва юноша с матерью успевают покинуть дом, как появляются пираты, которым не удаётся найти того, что они ищут. По дороге скачут таможенные стражники, и разбойникам приходится убраться восвояси. А слепой Пью, брошенный сообщниками, попадает под копыта лошади.
В пакете, который Джим отдаёт двум добропорядочным джентльменам, доктору Ливси и сквайру (английский дворянский титул) Трелони, оказывается карта острова, где спрятаны сокровища капитана Флинта. Джентльмены решают отправиться за ними, взяв Джима Хокинса юнгой на корабль. Пообещав доктору не посвящать никого в цели предстоящего путешествия, сквайр Трелони уезжает в Бристоль, чтобы купить судно и нанять команду. Впоследствии выясняется, что сквайр не сдержал слова: весь город знает, куда и зачем собирается плыть шхуна «Испаньола».
Набранная им команда не нравится нанятому им же капитану Смоллетту, которому кажется, что матросы недостаточно надёжны. Большинство из них были рекомендованы владельцем таверны «Подзорная труба» одноногим Джоном Сильвером. Сам бывший моряк, он нанимается на корабль в качестве кока. Незадолго до отплытия Джим встречает в его таверне Чёрного Пса, который, увидев юношу, убегает. Доктор и сквайр узнают об этом эпизоде, но не придают ему значения.
Все выясняется, когда «Испаньола» уже подплывает к Острову сокровищ. Забравшийся в бочку из-под яблок Джим случайно слышит разговор Сильвера с матросами, из которого узнает, что большинство из них пираты, а их главарь — одноногий кок, который был квартирмейстером у капитана Флинта. Их замысел заключается в том, чтобы, обнаружив сокровища и доставив их на борт корабля, убить всех честных людей на судне. Джим сообщает друзья
Едва шхуна бросает якорь у острова, дисциплина на судне начинает резко падать. Назревает бунт. Это противоречит замыслу Сильвера, и капитан Смоллетт даёт ему возможность утихомирить команду, поговорив с матросами с глазу на глаз. Капитан предлагает им отдохнуть на берегу, а перед закатом вернуться на корабль. Оставив на шхуне сообщников, пираты во главе с Сильвером отправляются на шлюпках к острову. В одну из шлюпок, непонятно зачем, прыгает Джим, который, впрочем, убегает, едва только она достигает земли. Блуждая по острову, Джим встречает Бена Ганна — бывшего пирата, оставленного здесь товарищами три года назад. Он поплатился за то, что убедил их заняться поисками сокровищ капитана Флинта, которые оказались безуспешными. Бен Ганн говорит, что скорее готов помогать прирождённым джентльменам, чем джентльменам удачи, и просит Джима передать это друзьям. Ещё он сообщает юноше, что у него есть лодка, и объясняет, как её найти.
А в это время капитану, доктору, сквайру с тремя слугами и матросу Эйбу Грею, не пожелавшему оставаться с пиратами, удаётся на ялике бежать с судна, прихватив с собой оружие, боеприпасы и запас провизии. Они укрываются в срубе за частоколом, где течёт ручей и можно долго держать осаду. Увидев над частоколом британский флаг, а не «Весёлый Роджер», который подняли бы пираты, Джим Хокинс понимает, что там друзья и, присоединившись к ним, рассказывает о Бене Ганне.
После того как мужественный маленький гарнизон отбивает атаку пиратов, стремящихся завладеть картой сокровищ, доктор Ливси отправляется на встречу с Беном Ганном, а Джим совершает новый необъяснимый поступок. Он без разрешения покидает форт, отыскивает принадлежащую Бену Ганну лодку и отправляется на «Испаньолу». Воспользовавшись тем, что незадолго до его появления два охранявших её пирата устроили пьяную драку, в которой один из них погиб, а другой был ранен, Джим захватывает корабль и отводит его в укромную бухту, после чего возвращается в форт.
....