Глина и известняк не пропускают воду,т.к. на молекулярно-атомном уровне их молекулы очень плотно сжаты,из-за чего они водонепроницаемы.А вот у песка и суглинок наоборот-они легко пропускают воду из-за нечто большего расстояния между ихними молекулами.
Работа самого колодца показана на рисунке справа-источник воды окружают глинистые и известняковые породы,из-за чего вода не просачивается и там создается определенное давление,но оно не достаточно для поднятия воды наверх,т.к. вода находится в почти свободном горизонтальном положении.Для этого колодец делают узким для создания высокого давления,способного поднять воду наверх.Не буду разжевывать про законы физики касательно давления.
Вывод:В скважине создается определенное давление,когда устанавливают колодец,вода стремительно поднимается вверх из-за высокого давления,которое создает узкое пространство,и т.к. глина воды не пропускает,вода поднимается к верхним слоям почвы,где строение молекул будет менее плотное,создавая при этом меньшее давление на узкую трубу колодца,соответственно,когда мы включаем кран на поверхности,вода не бьет фонтаном,а льется как из крана дома.
Надеюсь,понятно.