Для паукообразных характерно развитие разнообразных желез, среди которых наибольшее значение имеют ядовитые железы (у скорпионов, пауков). У паукообразных сложная нервная система и развито инстинктивное поведение.
Сравнительно слабое развитие органов зрения компенсируется хорошо развитыми органами осязания, которые играют ведущую роль в ориентации паукообразных в окружающей среде. Есть у них и органы, реагирующие на химические раздражители, а также органы обоняния и вкуса.
Органы дыхания приспособлены к усвоению атмосферного кислорода. У наиболее древних форм (например, у скорпионов) есть легкие. Трахейное дыхание в процессе эволюции возникло позже. Поэтому часть паукообразных дышит как легкими, так и трахеями, другие же – только трахеями. У клещей газообмен осуществляется через кожу, а специальных органов дыхания нет.
Кровеносная система незамкнутая. Она хороню развита у крупных пауков, которые дышат легкими. У паукообразных с трахейным дыханием кровеносная система развита слабо. Кровь бесцветная.
Многие паукообразные (в частности, пауки) впрыскивают в тело жертвы пищеварительный сок, который растворяет ее ткани. Так происходит внекишечное пищеварение. Затем хищник всасывает разжиженную пищу. Остатки непереваренной пищи выводятся наружу через анальное отверстие.
Паукообразные – раздельнополые животные. Они откладывают яйца, но есть и живородящие виды. Развитие у большинства прямое, а у клещей – с превращением.