Вся полнота верховной государственной власти, законодательной, исполнительной и судебной с середины XVI столетия сосредотачивается в руках царя. Все действия органов власти совершаются от имени царя и по царскому указу. Свою власть царь осуществлял непосредственно через Боярскую Думу и Приказ тайных дел (с 1646 года).
Функции государственного управления реализовывались через систему приказов - административно - судебных учреждений центрального и местного управления в Московском государстве. Становление приказов произошло в конце XV - начале XVI вв. Каждый приказ имел определенные функции, хотя четкого разграничения компетенций между ними не было. Многие приказы совмещали административные, судебные и финансовые функции.
Непосредственно Боярской Думе подчинялись Разрядный приказ, Поместный приказ и Посольский приказ. Этим трем приказам подчинялись все остальные приказы (кроме Дворцовых приказов и Патриарших приказов). Приказ Тайных дел подчинялся исключительно царю. Кроме того, царю и приказу Тайных дел подчинялись Дворцовые приказы. Свои приказы имел и Патриарх Московский и всея Руси, которые подчинялись только ему.
Возглавляли приказы судьи из числа бояр, окольничьих, а также дьяков и думных дворян. Приказная система ликвидирована с образованием в первой четверти XVIII века коллегий в связи в проведением петровских "реформ".