На відміну від всіх інших північних птахів Шишкарев виводить пташенят взимку, коли на хвойних деревах багато шишок із зрілими насінням. Головний гніздовий період - січень-квітень. З огляду на холодну пору року, Шишкарев будує гніздо грунтовно. Його стінки досягають товщини до 3 см. У такому житлі добре зберігається тепло. Гніздо завжди знаходиться високо на хвойному дереві, біля стовбура або в сплетінні крайніх гілок.