Род Романовых принадлежит к числу древних семей московского боярства. Первый известный по летописям представитель этой фамилии — Андрей Иванович, имевший прозвище Кобыла, в 1347 году находился на службе у Великого Владимирского и Московского князя Симеона Ивановича Гордого.
Михаил Фёдорович родился в 1596 году в семье боярина Фёдора Никитича Романова (впоследствии патриарха Филарета) и его жены Ксении Ивановны, урождённой Шестовой. Приходился двоюродным племянником Фёдору Иоанновичу, последнему русскому царю из московской ветви династии Рюриковичей.
При Борисе Годунове Романовы подверглись опале. В 1600
году начался розыск по доносу дворянина Бертенева, служившего казначеем
у Александра Романова — дяди будущего царя. Бертенев донес, что
Романовы хранят у себя в казне волшебные коренья, намереваясь
«испортить» (умертвить колдовством) царскую семью. Из дневника польского
посольства следует, что отряд царских стрельцов совершил вооруженное
нападение на подворье Романовых. 26 октября (5 ноября) 1600 г. братья Романовы были арестованы. Сыновья Никиты Романовича: Фёдор, Александр, Михаил, Иван и Василий были пострижены в монахи и сосланы в Сибирь в 1601 г., где большинство из них погибли[2].
Михаил родился 12 июля — в день святого Михаила Малеина, в честь которого он был крещён; также по традиции он был назван в честь дяди — Михаила Никитича Романова[3].