Это голые, лишенные внешней оболочки организмы, представляющие собой комочки протоплазмы с одним или несколькими ядрами. В организме корненожки различают наружный прозрачный слой (эктоплазму) и внутренний зернистый слой с ядром, или несколькими ядрами (эндоплазму). Большинство корненожек имеют микроскопически малые размеры, в среднем от нескольких микрон до 3 мм. Ископаемые формы были крупнее – до 5 см (нуммулиты).
Из протоплазмы корненожки образуются временные выросты – псевдоподии, или ложноножки, служащие для передвижения и захвата пищи. Это характерно для всех представителей класса саркодовые. Псевдоподии могут быть различной формы – нитевидные, лопастные, лучевидные, иногда из них формируются сети. Пищевые частички обволакиваются псевдоподиями и втягиваются внутрь тела, причем нет особого участка в организме корненожек для введения пищевых частиц и удаления непереваренных остатков. Пищеварительный процесс происходит в протоплазме в пищеварительных вакуолях. Как и у всех простейших, органов дыхания, кровообращения у корненожек нет. Размножение этих организмов осуществляется путем деления, почкования, реже образования внутренних зародышей. У раковинных корненожек в делении участвуют только протоплазма и ядро, а раковина молодой особи формируется заново. При неблагоприятных внешних условиях тело корненожки покрывается прочной наружной оболочкой - формируется циста.