Река Шуя имеет связь с карельским словом Šuojogi. Если его перевести, то оно будет означать «глубокая». Однако существует и другое мнение, связанное с финским словом Suojoki, что может означать, что река болотная. Это можно объяснить с тем, что «суо» означает болото. Есть и третье мнение. Если перевести название со славянского, то можно получить значение «левая».
Десна является правым притоком Днепра. В старославянском языке слово деснъ означало правый. Отсюда и произошло название реки.