Недостатки системы Линнея состояли в том, что при классификации он учитывал лишь 1-2 признака (у растений число тычинок, у животных строение дыхательной и кровеносной систем) , не отражающих подлинного родства, поэтому далекие роды оказывались в одном классе, а близкие - в разных. Действительно, применение бинарной номенклатуры способствует формированию представлений о родстве форм в пределах рода, а соподчиненность таксономических единиц в конце концов приводят к мысли об общности происхождения органических форм.