Происхождение делится на 3 группы.Первую группу составляют гипотезы, предполагающие независимое происхождение простейших и многоклеточных животных. группы.
Вторая группа представлена гипотезами, выводящими многоклеточных непосредственно от одиночных простейших.
Третья группа гипотез выводит многоклеточных от колониальных простейших.