Назван он по имени сказочного существа желтого и пушистого Мурзилки. Свое имя Мурзилка получил благодаря озорнику и проказнику - маленькому лесному человечку, существовавшему в популярных книгах для детей конца 19 века. Это был человечек во фраке, с тросточкой и моноклем. Потом образ лесного Мурзилки поменялся на образ обыкновенной маленькой собачки, помогающей всем, кто попал в беду. Но Мурзилка в обличии щенка просуществовал не долго. В 1937 году знаменитый художник Аминадав Каневский создал новый образ Мурзилки. С тех пор в детском издании "Мурзилка" живет жёлтый герой, в красном берете и шарфе, с перекинутым через плечо фотоаппаратом. И детям он очень нравится.
В становлении журнала участвовали К. И. Чуковский, С. Я. Маршак, М. М. Пришвин, В. В. Лебедев, Е. М. Чарушин и др.