Шехзаде Баязид родился в 1525 году в семье султана Сулеймана и Хюррем Султан. В 1541 году участвовал в походе на Венгрию. В 1546 году был назначен санджакбеем Коньи. В 1548 году вместе с братом Мустафой участвовал во второй кампании против Персии[4].
В 1553 году во время третьей кампании против Персии был казнён Мустафа. Наследником был объявлен шехзаде Селим, Баязид становился вторым наследником. В этом же году в Халебе умер младший брат Баязида Джихангир. Вести о казни Мустафы стали причиной беспорядков по всей стране. Одно из восстаний было подавлено Мехмедом Соколлу. В организации обвиняли Баязида[5][6].
В 1558 году после смерти Хюррем обострились отношения между братьями. Немаловажную роль в этом деле сыграл Лала Мустафа-паша (наставник обоих шехзаде)[5]. Султан Сулейман Кануни, опасавшийся переворота, отправил обоих сыновей управлять удаленными от Стамбула провинциями империи. Селим был переведен из Манисы в Конью, а Баязид — в Амасью. Баязид воспротивился такому решению, поскольку были ещё живы в памяти народные волнения после смерти Мустафы, и оставался в Кютахье, однако по настоянию отца прибыл в Амасью 21 декабря 1558 года. Баязид собирал сторонников, тем же занимался и его старший брат. Баязид был фаворитом янычар, которым он напоминал своего отца и от которого, по их мнению, унаследовал лучшие качества натуры[7]. На стороне Селима оказался Соколлу. Сулейман расценил действия младшего сына как бунт и оказал поддержку Селиму. 29 мая1559 года армия Баязида столкнулась с армией Селима в районе Коньи. Численное превосходство армии обеспечило Селиму победу. Баязид вернулся в Амасью, откуда муфтий Мухьиддин Джюрджани послал султану письмо с просьбой о помиловании.