В настоящее время многочисленные малые ускорители применяются в медицине радиационной терапии, а также в промышленности например, для ионной имплантации в полупроводниках. Крупные же ускорители применяются главным образом в научных целях для исследования субъядерных процессов и свойств элементарных частиц.