Но царица таких поселенцев редко трогала, (разделяет главное и придаточное в составе сложного предложения) хотя и были среди них люди преступного почина, (выделяет обособленное определение , выраженное причастным оборотом) \ немало чинившие беды своим помещикам на северной родине.
Царица рассматривала эту степную пустошь,\ залегшую меж южным морем и Москвой\ (выделяют обособленное определ., выраж. причастн. оборотом) , (выделяется сравнительн. оборот) как дорогу в теплую страну, ( последняя запятая отделяет придаточное опредеит. от главного) которая ей зачем-то была необходима.