Родился в Царстве Польском (Российская империя), в Варшаве 22 июля 1878 года[4]в интеллигентной ассимилированной еврейской семье. Дед Корчака, врач Хирш Гольдшмидт, сотрудничал в газете «Ха-Маггид», отец, Юзеф Гольдшмидт (1846—1896) — адвокат, автор монографии «Лекции о бракоразводном праве по положениям Закона Моисея и Талмуда» (1871). Корчак вспоминал: «Меня назвали в честь дедушки, а дедушку звали Герш (Гирш). Отец имел право назвать меня Генриком, ведь сам он получил имя Юзеф...»[5]. В ассимилированной еврейской семье, в которой он родился и вырос, его называли Генриком — на польский манер. У Генрика была младшая сестра Анна.
Школьные годы прошли в Варшаве, в русской гимназии. Там царила жёсткая дисциплина, поход в театр или поездка домой в каникулы возможны были только после письменного разрешения дирекции. Преподавание велось на русском языке. Уже в первом классе (детям 10—11 лет) преподавалась латынь, во втором — французский и немецкий, в третьем — греческий.
В 1889 году у отца Генрика обнаружились признаки душевной болезни. Теперь отца приходилось время от времени помещать в специальные клиники. Его содержание в клиниках стоило дорого, и со временем семья оказалась в тяжёлом материальном положении. С пятого класса (15—16 лет) Генрик начал подрабатывать репетиторством.
В 1898 году Корчак поступил на медицинский факультет Варшавского университета, одновременно обучался на подпольных высших курсах[6]. Летом 1899 года он ездил в Швейцарию, чтобы поближе познакомиться с педагогической деятельностью Песталоцци. В своей поездке Корчак особенно интересовался школами и детскими больницами.
В 1903—11 гг. работал в еврейской детской больнице имени Берсонов и Бауманов[7] и воспитателем в летних детских лагерях. Являлся членом еврейского благотворительного Общества помощи сиротам.
23 марта 1905 года получил диплом врача. В качестве военного врача принимал участие в Русско-японской войне.
В 1907 году Корчак на год едет в Берлин, где за свои деньги слушает лекции и проходит практику в детских клиниках, знакомится с различными воспитательными учреждениями. Он проходит стажировку также во Франции, посещает детский приют в Англии.