- загрязнение водоёмов (вызывает гибель зверьков и деградацию местообитаний);
- вырубка пойменных лесов (нарушает гидрологический режим поймы, что вызывает деградацию местообитаний выхухоли);
- осушение пойменных угодий (лишает выхухоль исконных мест обитания и нередко сопровождается ликвидацией древесно-кустарниковой растительности методом химической обработки, что ухудшает кормовые и защитные условия выхухолевых угодий);
- зарегулирование стока рек: спрямление русел, строительство плотин и дамб (приводит к падению уровня грунтовых вод и, как следствие, к пересыханию отдельных водоёмов и малых рек, исчезновению лесных родников, усыханию пойменных лесов);
- застройка берегов водоёмов (создаёт серьёзный фактор беспокойства для выхухолей, а сопутствующие людям домашние животные (кошки, собаки) могут уничтожать зверьков);
- создание водохранилищ (означает затопление выхухолевых угодий, при котором гибнут и сами зверьки);
- выпас скота вблизи водоёмов (часто взывает разрушение нор и гибель их обитателей).