Они содержат набор гидролитических ферментов, которые изначально находятся в неактивной форме - это первичные лизосомы. Вторичные лизосомы (пищеварительные вакуоли) представляют собой первичную лизосому, слившуюся с фагоцитарной или пиноцитозной вакуолью. Ферменты активируются, вещества расщепляются до мономеров, а мономеры транспортируются через мембрану в состав цитоплазмы, где они включаются в различные процессы. Если кратко, то осуществляют роль внутриклеточного пищеварения.
Еще один вид лизосом-остаточные тела, они возникают из вторичных при накоплении в них не переваренных остатков. Эти остаточные тельца либо выбрасываются из клетки путем экзоцитоза или остаются в клетках вплоть до их гибели.