Родился 27 апреля (8 мая) 1744 года в родовом имении Тихвинское-Авдотьино, близ села (ныне города) Бронницы Московской губернии. Отец — Иван Васильевич Новиков (1699—1763). Его семья относилась к дворянам среднего достатка. В детстве он учился у деревенского дьячка, затем, в возрасте 11-16 лет, в Московской университетской дворянской гимназии при Московском университете (1755—1760), откуда был исключён «за леность и нехождение в классы».
В начале 1762 года поступил на службу в лейб-гвардии Измайловский полк и, как часовой у подъёмного моста измайловских казарм в день воцарения Екатерины II, был произведен в унтер-офицеры. Уже во время службы в полку Новиков обнаруживал «вкус к словесным наукам» и склонность к книжному делу: издал две переводные французские повести и сонет (1768).
В 1767 году Новиков был в числе молодых людей, которым было поручено ведение протоколов в комиссии депутатов для сочинения проекта «Нового Уложения». Императрица считала это поручение делом высокой важности и предписала «к держанию протокола определить особливых дворян со способностями». Новиков работал в малой комиссии о среднем роде людей и в большой комиссии. Участие в работах комиссии ознакомило Новикова со многими важными вопросами, выдвинутыми русской жизнью, и с условиями русской действительности, стала важным этапом в формировании его просветительских взглядов. При докладах о работах комиссии Новиков стал лично известен Екатерине.