Можно использовать насос, организовать с помощью него колебания вод, дабы поднять отложившиеся питательные вещества с поверхности дна. Воспользоваться далее очищающими устройствами, которые организуют выборку, последствие очистки - требуемые питательные вещества. Дешевый и неэффективный способ.
Намного эффективнее организовать постоянное течение и фильтрование, чтобы избежать отстаивание вод.