Рептилии раздельнополые. Половые железы (яичники и семенники) парные. Семяпроводы и яйцеводы открываются в клоаку. Осеменение внутреннее. Самки большинства пресмыкающихся откладывают крупные яйца, богатые желтком и покрытые прочной кожистой оболочкой или известковой скорлупой. Некоторым пресмыкающимся свойственно яйцеживорождение и живорождение. Развитие прямое. Зародыш развивается внутри яйца в водной среде.