Первые поселения на территории Московского Кремля относятся к бронзовому веку (II тысячелетие до н. э.) . У современного Архангельского собора было найдено финно-угорское поселение, относящееся к раннему железному веку (вторая половина I тысячелетия до н. э. )
Первое летописное упоминание о Москве относится к 1147 году. В 1156 году на территории современного Кремля были построены первые укрепления общей протяжённостью около 850 метров и площадью около 3 га. Укрепление было окружено рвом шириной 16-18 м и глубиной не менее 5 м. Земляной вал по ширине был около 14,5 м и 7 м по высоте. Для тех времён это была типичная средняя русская крепость. Вал был укреплён дубовыми брусьями, скреплявшимися на польский манер. В 1238 году во время монголо-татарского нашествия Кремль был разрушен. С 1264 года являлся резиденцией князей Москвы. В 1339 году построены стены и башни из дуба.
В Кремле находилась самая древняя московская церковь — Собор Спаса на Бору, или собор Спас-Преображения «что на Бору» , построенный к 1330 году, к тысячелетию Константинополя — «Нового Рима» . Храм был уничтожен в 1933 году. Здесь были погребены московские князья и княгини, пока роль усыпальницы не перешла к Архангельскому собору для мужчин и Вознесенскому монастырю (также разрушенному) для женщин. После учреждения Новоспасского монастыря в конце XV века собор Спаса на Бору получил статус придворного храма. В результате сооружения Кремлёвского дворца в период 1830—40 годов храм Спаса оказался вписанным во внутренний двор Дворца.