Подземные воды делятся на два вида: грунтовые и межпластовые. Более глубоко расположены межпластовые воды, они находятся между двумя слоями водоупорных горизонтов. Загрязненные воды с поверхности туда попадают только через заброшенные скважины.
Более подвержены загрязнению грунтовые воды, которые располагаются ближе к поверхности и лежат между водоупорным и водопроницаемым слоем.
Поэтому существует ряд мер, направленных на охрану в первую очередь именно грунтовых вод. Для этого осуществляется контроль за утечкой сточных вод с промышленных предприятий, жесткие требования предъявляются к очистным сооружениям, разработаны требования по эксплуатации водозаборных систем, принимаются меры по сокращению водоотбора (например, использование воды закрытого цикла. Та вода, которая была использована на предприятии, она очищается и снова используется. Там где это возможно). Идет контроль за использованием минеральных удобрений на полях и за складированием этих удобрений. Проводятся уборки (субботники) территории, так как загрязняющие вещества попадают в подземные воды с поверхности вместе с просачивающимися сквозь землю осадками и талыми водами. Там где загрязнения легко попадают в подземные воды, устанавливают санитарные зоны.