Реки, которые впадают в Карское море, имеют относительно небольшой уровень загрязнения. Однако воды Оби и Енисея обладают большой концентрацией тяжелых металлов, что неблагоприятно сказывается на экосистеме моря. Негативно влияют на экологическое состояние моря суда. Места их частого передвижения загрязнены нефтепродуктами. Воды, принадлежащие к заливам Карского моря, специалистами характеризуются как умеренно-загрязненные.