Климатические условия разных районов Японии заметно отличаются друг от друга. На ее территории можно выделить четыре климатические зоны: зону умеренного океанического климата с холодным летом (остров Хоккайдо) , зону умеренного океанического климата с теплым летом (остров Хонсю севернее примерно 38-й параллели) , зону влажного субтропического климата (остальная часть острова Хонсю, острова Кюсю и Сикоку) и зону тропического климата (острова Окинава) .
Зоны:
1. Тайга на самом севере
2. Смешанные леса умеренного пояса
3. Широколиственные леса умеренного пояса
4. Субтропические леса
5. Влажные тропические леса
6. Области высотной поясности
На островах Рюкю (Нансей) распространены влажные тропические леса, в которых растут пальмы, древовидный папоротник циатея, саговник, многоплодник (подокарпус) , банан, фикус и др. , в горах – вечнозеленые дубы и такие тропические хвойные, как сосна акамацу, пихта мами, тсуга. Многочисленны лианы и эпифиты, главным образом папоротники.