Прелюдии и фуги (например, "Прелюдия и фуга а-moll")
• Фантазии и фуги (например, "Фантазия и фуга g-moll")
• Токкаты и фуги (например, знаменитая "Токката и фуга d-moll", ВWV 565)
• Пассакалья и фуга с-moll, ВWV 582
• Трио-сонаты и трио
• Органная тетрадь (46 хоральных прелюдий BWV 599-644)
• Органная месса (из «Упражнений для клавира», 3-я часть)
• Отдельные фуги, фантазии, прелюдии, хоральные партиты
• Хоралы и хоральные прелюдии