Перекись водорода является клеточным метаболитом и относится к группе веществ, объединяемым общим названием «активные метаболиты кислорода» (АМК). В настоящее время известно, что в норме АМК (перекись водорода, гипохлорит ион, кислородные радикалы — супероксидный и гидроксильный) играют важную роль во многих жизненно важных процессах в организме. Влияние АМК проявляется в обновлении состава и обеспечении функциональных свойств биомембран, участии в энергетических процессах, клеточном делении, синтезе биологически активных веществ.
Особенностью АМК является высокая реакционная способность, что определяет широкий спектр их биологических эффектов. Основным механизмом образования перекиси водорода в организме является реакция дисмутации, осуществляемая путем восстановления супероксидного анионрадикала. Дисмутация может происходить спонтанно, но в клетке она катализируется специальными ферментами — супероксиддисмутазами, что существенно ускоряет процесс образования перекиси водорода. Источниками супероксидных анионрадикалов являются различные оксидазные системы, среди которых особое место занимает НАДФН‑оксидазная реакция, лежащая в основе так называемого «окислительного» или «респираторного» взрыва. Окислительный взрыв является защитной реакцией, он присущ фагоцитирующим клеткам и основной задачей его является обезвреживание чужеродных веществ. Суть окислительного взрыва сводится к быстрому генерированию больших количеств АМК. Установлено, что 90% кислорода, потребленного нейтрофилами во время дыхательного взрыва, идет на образование супероксидного анионрадикала и перекиси водорода. Сама перекись водорода в фагоцитирующих клетках служит основой для образования самых агрессивных АМК — гидроксильного радикала и гипохлорит иона. Обезвреживающий эффект обусловлен деструктивным действием АМК на белковые молекулы, липиды, углеводы, нуклеиновые кислоты и другие важные компоненты клеточных структур.