1. Выехать (откуда?) из ТверИ, из ПетропавловскА, из АстанЫ - Р. п.
2. Возвратиться (откуда?) из СибирИ, из школЫ, из ЯрославлЯ - Р. п.
3. Прибыть (откуда?) с УралА, с ПамирА, с КавказА - Р. п.
4. Жить (где?) в КазанИ, в НовгородЕ, в КрымУ - П. п.
5. Быть (где?) в музеЕ, в лицеЕ, в институтЕ, в университетЕ, в планетариИ - П. п.