Екатерина II поспешила отменить этот Манифест и выказала себя поначалу противницей секуляризации. Поддержка духовенства была для нее очень важна. После восшествия на престол Екатерины II этот указ был назван «святотатственным посягательством» на монастырские вотчины, «неполезным учреждением». Но уже в конце 1762 года императрица начала подготовку реформы церковного землевладения. 18 февраля 1764 года была воссоздана Коллегия экономии, на которую возложили непосредственное проведение секуляризации.
26 февраля 1764 года Екатерина II «всенародно» объявила манифест о секуляризации церковных владений. В связи с этим актом она произнесла в Синоде весьма примечательную по форме и содержанию речь. В ней заявлялось, что церковные вотчины «похищены у государства» и что духовные лица не могут «владеть ими, не будучи несправедливы к нему» и не отвлекаясь от своего прямого «дела», состоящего в «ясном предложении догматов веры, в убедительном истолковании их доказательствами, а не спорами». «Но отчего происходит, - отчитывала она покорно слушавших иерархов, - что вы равнодушно смотрите на бесчисленные богатства, которыми обладаете и которые дают вам способы жить в преизбыточестве благ земных, что совершенно противно вашему званию? Вы приемники апостолов, которым повелел Бог внушать людям презрение к богатствам и которые были очень бедны. Царство их было не от мира сего. Вы меня понимаете? Я слышала эту истину из уст ваших. Если вы повинуетесь законам, если вернейшие мои подданные, то не умедлите возвратить государству всё то, чем вы неправильным образом обладаете».
Согласно Указу, Все имения Синода, архиерейских кафедр и монастырей, во владении которых находилось свыше 900 тысяч крестьянских душ мужского пола и 8,5 миллионов десятин земельных угодий, поступали в казну и передавались в управление Коллегии экономии. Монастырям были оставлены только небольшие сады, огороды и пастбища. Бывшие монастырские крестьяне получили название экономических. Их правовой статус был приравнен к государственным. Все подати они отныне должны были платить напрямую государству, что было значительно легче. Около 2 миллионов крестьян избавились от монастырской барщины, их земельные наделы увеличились, им стало легче заниматься промыслами.
Другим следствием реформы стало изменение положения Православной Церкви в государстве. С этого времени государство само определяло необходимое стране число монастырей и монахов, ибо содержало их на средства казны. Духовенство окончательно превращалось в одну из групп чиновничества.
Следствием Указа стало также закрытие примерно 4/5 всех российских монастырей. Их просто “вывели за штат”, то есть лишили содержания. До Указа в центральной части России насчитывалось 954 монастыря, а после упразднения “лишних” осталось 387. Закрыто было 567 монастырей. Их храмы стали приходскими.
Ревностные архиереи, монахи и миряне тяжело переживали разорение монастырей. Однако мало кто решился на открытое возражение. Критиковать Указ осмелился Ростовский митрополит Арсений (Мацеевич). Последовала суровая расправа - лишение сана, ссылка в Корельский монастырь. Мацеевич считался весьма опасным преступником. Через 4 года он был расстрижен и под кличкой «Андрея Враля» в секретном порядке был переведён пожизненно в Ревельскую крепость. Участь митрополита Арсения устрашила иерархов и позволила правительству без всякого риска провести секуляризацию церковных земель в великорусских епархиях.