Простейшие — источник питания для других животных и участники образования горных пород. Амеба и инфузория туфелька выполняют роль санитаров, то есть очищают водоемы от загрязнений. Также они участвуют в круговороте веществ и оказывают влияние на почвообразовательный процесс.