В марте 1941 года по личному распоряжению Сталина была организована научная экспедиция, которая должна была установить достоверность принадлежности захоронений Гур Эмира полководцу Тамерлану и его потомкам. Узнать правду можно было, изучив скелет. Возглавил экспедицию видный узбекский историк и математик, будущий академик и президент Академии наук Узбекистана, Ташмухамед Кары-Ниязов. В экспедиции принимали участие самые видные сотрудники советской науки из Москвы и Ленинграда, а также местные самаркандские ученые. Раскопки начались 16 июня. Сначала были извлечены останки сыновей Тамерлана — Шахруха и Мираншаха. 18 июня — его внуков Мухамад-Султана и великого астронома Улугбека. 19 июня наступил самый ответственный момент: стали вскрывать гробницу Тамерлана. Был извлечен скелет, по которому ученые доподлинно установили: скелет принадлежит Тамерлану. Вечером, когда участники экспедиции собрались в гостинице, по радио передали сообщение о нападении Германии на СССР. Экспедицию срочно прервали, а скелеты и собранные материалы экспедиции отправили в Москву.
По свидетельству Малика Каюмова, оператора Ташкентской киностудии, принимавшего участие в экспедиции, в октябре 1942 года, под Ржевом, ему удалось встретиться с маршалом Жуковым, которому он и рассказал о проклятии могилы Тамерлана и о просьбах местных жителей вернуть прах на прежнее место. Останки Тамерлана были привезены в Самарканд 19 ноября 1942 года и перезахоронены по мусульманскому обряду в Гур-Эмире 20 ноября. Именно в эти дни Советская Армия одержала победу в Сталинградской битве, ставшей переломной в Великой Отечественной войне.
Во время раскопок к руководителям экспедиции обратились трое старцев. Они принесли с собой древнюю книгу на фарси и показали ее археологам. Книга содержала пророчество о страшной войне, которая последует после вскрытия могилы Тамерлана. Археологи обратились к руководителю экспедиции академику-востоковеду А.А. Семенову, который также слышал о древнем проклятии от хранителя мавзолея Гур-Эмира Масуда Алаева. Тот установил, что книга является не сакральным текстом, а просто сборником местных легенд и преданий о богатырях-батырах, сборник рассказов об исторических и полумифических героях. Ее автор — афганский поэт XIX века Гулам Мухаммад Ахунзада, участник Первой англо-афганской войны, сражавшийся с англичанами. Однако текст пророчества о могиле Тамерлана принадлежал какому-то другому автору. Оператор Каюмов позже сожалел, что не зафиксировал на кинопленку ни стариков, ни саму книгу. После разговора с руководителями экспедиции старики исчезли, найти их не удалось, а хозяин чайханы клялся, что он видел их первый и единственный раз.