В 1560г. Иван Грозный начал менять систему своего правления. В немилость попали члены Избранной рады Данило Адашев, брат Алексея Адашева, и Андрей Курбский. Даже отличившись в Ливонской войне, они не вернули доверие царя. Избранная Рада была распущена, а ее лидер Алексей Адашев отправлен служить воеводой на Ливонскую войну.
Формальной причиной роспуска стали разногласия в вопросах внешней политики Ивана IV,настаивавшего на продолжении Ливонской войны, А. Адашев считал необходимым установить мир в Прибалтике и вести наступление на Крым. Источники свидетельствуют также о том, что Иван IV подозревал Адашева и Сильвестра в отравлении своей любимой жены царицы Анастасии. По царскому приказу Адашева заточили в тюрьму в покоренном им Дерпте, где он вскоре и умер, заболев горячкой. Сильвестр удалился от двора и принял пострижение в далеком Кирилло-Белозерском монастыре.
Однако считают некоторые историки, имелись и более глубокие причины разрыва отношений между царем и участниками Рады: Иван IV тяготился опекой Избранной Рады, был недоволен медленными темпами реформ, стремился ускорить централизацию и править единолично. Наряду с некоторыми разногласиями, которые возникли у Ивана IV со своими советниками, определяющую роль в этих событиях сыграла сложная не вполне здоровая натура грозного царя. Обладая многими талантами, тонко разбираясь в людях, он в то же время отличался непомерным властолюбием и жестокостью. Иван IV решил укрепить самодержавную власть кровью. Начались самые страшные годы его правления. Сбросивший груз опеки, Иван стал преследовать всех, кто ограничивал его волю. Без суда он казнил родственников и близких Адашева. Подозреваемых в сочувствии Адашеву и Сильвестру пытали, казнили и ссылали.