Водоросли являются основой питания растительноядных животных — ракообразных, моллюсков, некоторых рыб, млекопитающих и др.
Водоросли насыщают толщу воды и воздуха над ней кислородом. Некоторые отмершие водоросли образуют осадочные породы: известняки, диатомит, трепел. Водоросли способствуют почвообразования и повышению плодородия почв. Придонные водоросли являются убежищем для рыб и других животных.