Многие простейшие, особенно инфузории, питающиеся бактериями, гниющими органическими остатками, участвуют в очищении водоемов от загрязнения. При благоприятных условиях жизни они быстро размножаются. Их несметное количество служит пищей личинкам и малькам рыб, различным мелким рачкам, водным насекомым и их личинкам, которые, в свою очередь, поедаются подросшими мальками рыб и более крупными водными животными.
Среди простейших много паразитов, вызывающих тяжелые заболевания у человека, сельскохозяйственных и диких промысловых животных. Дизентерийная амеба (рис. 38), внедряясь в слизистую оболочку толстого кишечника человека и размножаясь в ней, вызывает изъявления и как следствие — кровавый понос. Кроме того, она способна поглощать красные кровяные тельца крови (эритроциты).