Природный профиль Патагонии — степные равнины, так называемые пампасы. Чилийская часть Патагонии характеризуется влажным, прохладным климатом. Аргентинская часть весьма засушливая, так как большинство осадков, идущих с запада, останавливаются над Андами. Характерны постоянные сильные ветра.
Представителями патагонской фауны являются пумы, гуанако, нанду и кондоры. Многочисленные озёра Патагонии — родина фламинго и других водных птиц. Растительность скудная.