Церковь Покрова построена на рукотворном холме. Обычный ленточный фундамент, заложенный на глубине 1,6 м, продолжен основанием стен, высотой 3,7 м, которые были засыпаны глинистым грунтом насыпного холма, облицованного белым камнем. Таким образом, фундамент уходил на глубину более пяти метров. Подобная технология позволяла противостоять подъёму воды при разливах реки (до 5 м).
От храма XII века без существенных искажений до нашего времени сохранился основной объём — небольшой, слегка вытянутый по продольной оси (около 8 х 7 м без учета апсид, сторона подкупольного квадрата около 3,2 м) четверик и глава. Храм крестовокупольного типа, четырёхстолпный, трёхапсидный, одноглавый, с аркатурно-колончатыми поясами и перспективными порталами. Стены церкви строго вертикальны, но благодаря исключительно удачно найденным пропорциям они выглядят наклоненными внутрь, чем достигается иллюзия большей высоты сооружения. В интерьере крестчатые столпы сужаются кверху, что при небольших размерах храма создает дополнительное ощущение «высотности» интерьера.