Иван Фёдоров родился между 1510 и 1530 годами. Точных сведений о дате и месте его рождения (равно как и вообще о его роде) нет. Генеалогическая трактовка его типографского знака, тождественного с гербом белорусского шляхетского рода Рагоза, дает основания предполагать о его связи с этим родом либо по происхождению, либо в результате приписки к гербу «Шренява» — в другом прочтении «Сренява» — так называемым «актом адаптации». К этому гербу принадлежало несколько десятков белорусских, украинских и польских фамилий.
В 1553 году Иван Грозный приказал построить в Москве особый дом для типографии, которая в 1550-е годы выпустила несколько «анонимных», то есть не содержащих никаких выходных данных, изданий (известно по крайней мере семь из них). Предполагают, что в этой типографии работал и Иван Федоров. Первой печатной книгой, в которой указано имя Ивана Федорова и помогавшего ему Петра Мстиславца, стал «Апостол», работа над которым велась, как указано в послесловии к нему, с 19 апреля 1563 по 1 марта 1564 года. Это первая точно датированная русская книга. Издание это как в текстологическом, так и в полиграфическом смысле значительно превосходит предшествовавшие анонимные.
На следующий год в типографии Фёдорова вышла его вторая книга - «Часовник». Через некоторое время начались гонения на печатников со стороны переписчиков. После поджога, уничтожившего их мастерскую, Фёдоров со Мстиславцем вынуждены былибежать в Великое княжество Литовское.
А затем для продолжения печатного дела Иван направляется во Львов, где 7 марта 1573 года он основывает свою типографию, в которой впоследствии печатает второе издание «Апостола» (1574). Львовское издание «Апостола» содержит в себе также вступительное слово от самого Ивана Фёдорова, где он рассказывает о гонениях: «Не от Государя, но от многих начальник и чальник, которые на нас зависти ради многие ереси умышляли», которые его «…от земли, отечества и рода нашего изгнали в края доселе неведомые». Иван Федоров был разносторонне образован. Наряду с издательским делом он отливал пушки, изобрёл многоствольную мортиру с частями, которые взаимозаменялись.
Между 26 февраля и 23 июля 1583 года он совершил поездку в Вену, где демонстрировал своё изобретение при дворе императора Рудольфа II. Определенное время он работал в Кракове и Вене, имел тесные связи с просвещёнными людьми Европы. В частности, в Дрезденском архиве найдена переписка Ивана Федорова с саксонским курфюрстом Августом (письмо написано 23 июля 1583 года). В 1575 году Иван Фёдоров был назначен управляющим Дерманского монастыря.