Войско Дария стояло неподвижно на берегу речки Пинар, не глубокой, но обрывистой. В отдельных местах, где берег казался пологим, персы устроили заграждения. Александр подвел свою армию в полном боевом порядке на расстояние полета стрелы, затем бросился в атаку во главе конницы на левый фланг персов, где держали оборону персидская пехота и конные отряды персидских вельмож. Гетайры вошли как нож в варварский строй; пешие персы сразу же побежали, обнажая фронт.
В центре македонская фалангафорсировала неглубокую речку и столкнулась с наиболее боеспособной частью персидской армии, греческими гоплитами-наемниками. Гоплиты пытались сбросить фалангистов с берега, батальоны фаланги упрямо вгрызались вперед. Отряды гоплитов вклинились в разрывы между македонскими подразделениями; этому способствовало то, что правый фланг Александра вырвался вперед. На этом участке македонцы понесли наиболее тяжелые потери в сражении.
На левом фланге македонской армии, примыкающим к морю, персидская тяжелая конница, переправившись через Пинар, атаковала кавалерию македонцев. Как и в центре, персам сопутствовал здесь относительный успех, фессалийская конница подалась назад, но вновь контратаковала.
Александр, опрокинув стоявших перед ним персов, повернул эскадроны и ударил во фланг греческим гоплитам. Те вынуждены были отступить в относительном порядке, увидев начавшееся бегство персов и не ожидая поддержки. С развалом всего левого крыла персидского войска царь Дарий решил покинуть поле боя, тем более, что Александр приблизился к его колеснице, истребляя личную охрану. Как образно пишет Диодор:
« [македонцы] навалили груду тел [персов] высотой до колесницы [персидского царя]».
На глазах Дария гибли его сподвижники и родственники, не в силах остановить поступательный порыв Александра с гетайрами, направленный к персоне Дария. В схватке Александр был легко ранен в бедро мечом.
С бегством персидского царя началось повальное паническое бегство всего войска персов, в котором оно пострадало от давки и преследовавших македонцев сильнее, чем непосредственно в бою. Большая часть персидского войска, призванного из подвластных народов, бежала, так и не вступив в бой с противником.