Крепость была сооружена по проекту турецкого зодчего Синана по образцу западноевропейских крепостей бастионного типа. Строительство началось в 1538 году после вхождения города в состав Османской империи. Она была обнесена высоким земляным валом и глубоким рвом, который никогда не заполнялся водой. Крепость делилась на верхнюю, нижнюю части и цитадель. Общая площадь — около 67 га. С юго-западной стороны крепости располагалсяпосад. Выгодное стратегическое положение на возвышенном берегу Днестра недалеко от его впадения в Чёрное море сделало город одним из опорных пунктов борьбы турок противРоссии. Бендерскую крепость называли «крепким замком на османских землях». Одно из первых дошедших до нас описаний крепости оставил турецкий путешественник и писательЭвлия Челеби[2].

Вид на крепость в 1790 году
На протяжении многих лет был предпринят ряд неудачных попыток захватить крепость. Зимой1540 года молдавская армия под предводительством господаря Александра Корня осадила Бендерскую крепость, но овладеть ею не смогла. В 1574 году господарьИон Водэ Лютый вместе с казаками гетманаИвана Сверческого после взятия Бухарестанеожиданно приблизился к Бендерам и осадил крепость[2]. Турки были застигнуты врасплох. Молдавско-казацкое войско быстро занялопосад, но стены крепости устояли. Из-за усталости войска господарь организовал лагерь на господствующей высоте к северо-западу от крепости, но новый штурм молдавское войско не начало, так как из Аккермана прибыло большое турецкое подкрепление. Ион Водэ разгромил врага, но турецкий султан велел крымскому хану собрать войско и двинуться кДунаю. Узнав об этом Ион Водэ снял осаду с Бендер[2].
В 1584 году турки заставили молдавского господаря Петра Хромого произвести ремонт Бендерской крепости. В 1594 году запорожские казаки во главе с гетманами Григорием Лободой и Северином Наливайко пытались захватить крепость, посад снова был сожжён дотла, но крепостью овладеть не удалось. Как молдавские, так и казацкие силы были слишком малыми, чтобы захватить одну из самых защищённых турецких крепостей. К тому же ни одни осаждавшие не располагали соответствующей артиллерией, необходимой для штурма.
В 1709 году в Бендерах умер украинский гетманИван Мазепа, бежавший сюда вместе с шведским королём Карлом XII после поражения в Полтавской битве. В 1713 году в Бендерах произошла битва между войсками Карла XII и турками, которые сначала предоставили ему и Мазепе убежище, а потом попытались взять в заложники.