У романі «Собор» Олесь Гончар викриває найменші симптоми духовного неблагополуччя, яке почало загрожувати нашому суспільству, розвінчує психологію духовного браконьєрства. Його важливі концептуальні центри мають місце не тільки в міркуваннях з приводу того, що всі ми — свідки руйнації, по суті, й причетні до неї («Руйнуємо тим, що осторонь стоїмо… Руйнуємо своєю байдужістю»), але і в історичних паралелях, які особливо відкрито загострені у вставній новелі «Чорне вогнище». Останні засвідчують: той, хто руйнує,— неминуче деградує. Для підтвердження і підсилення звучання даної ідеї в цілому у творі і введено образ Дмитра Івановича Яворницького, відомого вченого — історика, археолога, фольклориста, етнографа, письменника… Саме в його вуста вкладено відповідь Несторові Махнові (певно, саме руйнування та виборювання справедливості нечистими засобами і згубили силу його війська) : «…то не ідеал, до якого йдуть через руїни та через трупи». Ця надзвичайно мужня людина (бо ж не побоявся стати «на шляху» із «піратами степів, розкудланими синами анархії», що п’яні вдерлися до «храму краси, історії, храму зодчества козацького» і поводились у ньому, «як в конюшні», підтвердивши тим одну із легенд, які поширювались про нього: «Нічого, кажуть, не боїться: ні бога, ні сатани, ні самої смерті») глибоко усвідомлює надзвичайно важливу істину — на руйнації та крові не створити нового. Вчений рішуче зупиняє розгульну силу махновців. Серед розвихреної стихії доби, безладдя він зумів відстояти історичну пам’ятку, щомиті ризикуючи власним життям, зберегти її для народу.
У романі «Собор» образ Дмитра Яворницького переважно розкрито у трьох основних аспектах: людина, неповторна індивідуальність; громадянин-патріот, син України, сучасник складної і героїчної доби; самобутній талановитий вчений, хранитель скарбів народних. Концепція образу складається як результат уважного і серйозного, хоча і суб’єктивного прочитання біографії Д.І. Яворницького, спогадів про нього, переказів, легенд. Визнаючи співвідношення Яворницького-людини і дослідника, хранителя цінностей народних, шукаючи домінантну образу, Олесь Гончар звертає увагу то на деталі портрету («самою поставою, кремезністю, вусами — живий запорожець!», кремезнющий характерник», «огрядний, крутоплечний грамотій з запорозькими вусами», «козарлюга», «сивоусий Яворницький», «вусатий велет», «могутня постать»), то на риси внутрішнього світу («На твоєму боці сила, на моєму — правда. Сила розвіється, а правда — ніколи!»; «Дух руйнівний, стихія руйнацтва — це не моя стихія…»; ствердження, що його правда «на верхах собору, на його шпилі»), то на героїчні риси вдачі гуманіста суворої епохи (Яворницький сміливо кидає у вічі махновцям: «Паливоди! Розстьоби. Горшкодери! Гетьте з собору!» ї не дозволяє їм «порядкувати» в ньому). Академікові були чужі люди, позбавлені духовності, які не спроможні до будь-якого високого руху, обмежені й примітивні у своїх прагненнях. Активізація суспільно-історичного фону розширила можливості для відтворення постаті Дмитра Яворницького в соціальному та психологічному планах. У романі розкрито нерозривний зв’язок двох граней творчої вдачі героя та його долі: народності, громадянської мужності, на ділі, а не на словах, любові до Вітчизни, синівського і разом із тим батьківського ставлення до неї. Образ Д. Яворницького характеризують передусім легенди та перекази, які побутують в народі і про які розповідають Махнові його радники-теоретики (про те, що «оковитої цареві не дав», «професор, а пішки всі степи обходив, пороги щороку пропливає, руки-ноги на хортицьких сікелях поламав, та все тієї козаччини дошукується», «кожну степову могилу… обстежив, скарби нечувані здобув для свого музею», «воскрешає славу минулих віків, задля неї живе, всьому світові поклав розповісти про лицарів козацької республіки», про козаччину «томи понаписував, всі перекази про запорозьких характерників позбирав, .і сам отав як характерник»), його дії та вчинки безпосередньо, інші персонажі. І Нестор Махно залишився під враженням від зустрічі з ним, не змінивши думки, що склалась раніше: «Не густо зустрінеш у житті таких Яворницьких!» В основу характеротворення образу покладено принцип контрасту. (Наприклад, «Рєпін мене малював, а ти хочеш рубати, шмаркачу!»).
Образ Дмитра Яворницького — взірець для всіх поколінь. Це добре усвідомлює герой роману Микола Баглай (у хронотопі твору перехрещуються дві історичні епохи). Він переконаний, що вчений знайшов у козацьких могилах саме те, на що так бідні його нащадки,— «дух козацької республіки, затоптаної невігласами, дух непокори і патріотизму». Дмитро Іванович Яворницький був із тих істориків, які завжди відчувають зв’язок минулого з сучасним, котрі в тісному зв’язку науки і життя вбачали запоруку розквіту науки і поліпшення життя. Подавши образ справжнього патріота своєї землі в минулому, О. Гончар закликає сьогоднішнє і майбутнє покоління берегти своє коріння — батьківщину, без цього не може бути ні повноцінного життя, ні взагалі існування нації.