Простейшие, которые питаются бактериями и органическими остатками очищают водоемы от загрязнений. Среди таких простейших особую роль играют инфузории.
Простейшие быстро размножаются в благоприятных условиях среды и служат пищей для малькам рыб и другим водным обитателям.
Эвглены не только очищают водоемы и служат пищей для других животных, но и, осуществляя фотосинтез, уменьшают количество углекислого газа и увеличивают содержание кислорода в воде.
По количеству инфузорий и эвглен можно определять степень загрязненности воды. Большое количество эвглен говорит о том, что вода загрязнена органическими веществами. Амеба обыкновенная живет там, где мало органических веществ.
Раковины простейших (морские фораминиферы) участвуют в образовании мела и известняка.
Существует достаточно большое количество паразитических простейших. Они вызывают заболевания у животных и человека. Дизентерийная амеба изъявляет оболочку кишечника человека. Один из видов лямблий паразитирует в печени и тонком кишечнике. Человек заражается простейшими-паразитами путем проглатывания их цист с загрязненной пищей и водой.
Наиболее опасен малярийный плазмодий, вызывающий малярию. Он питается эритроцитами человека, разрушая их. Малярию распространяют малярийные комары.
Рыб часто поражает инфузория ихтиофтириус. Она внедряется в кожу, плавники и жабры рыб, приводит к их гибели. У домашних животных и птиц встречается болезнь кокцидиоз, которая вызывается кокцидиями. Эти простейшие паразитируют в стенках кишечники и желудка.