Родился в мордовской крестьянской семье в селе Вельдеманово близ Нижнего Новгорода (в настоящее время — Перевозский район Нижегородской области). По другой версии, основанной на сообщении протопопа Аввакума (уроженца соседнего села Григорово), отец Никона был черемисом, а мать — русской[1]. Мать умерла вскоре после его рождения, отец женился во второй раз. Отношения с мачехой у Никиты не сложились, она часто била его и морила голодом[2]. Обучался грамоте у приходского священника. В 12 лет ушёл в Макарьев Желтоводский монастырь, был в нём послушником до 1624 года. По настоянию родителей вернулся домой, женился и принял сан священника. Служил сначала в соседнем селе Лысково, а около 1626 года был назначен священником одной из московских церквей, по просьбе московских купцов, узнавших о его начитанности.