Возможно, синонимами. Моряк - понятие более объемное: это род деятельности, профессия, объединяющая специалистов флота. Моряком может быть и капитан, и непосредственно матрос, и судовой повар, и обработчик рыбы в судовом цеху; а матрос - это младшая должность специалистов палубной команды на большинстве типов судов.