Есть суффикс арь в словах исконно -русского происхождения(звонарь,глухарь,сухарь).Слово секретарь-немецкого происхождения,но тоже можно обозначить арь суффиксом.А можно и всё слово взять в корень(секретарь),в современном языке арь может быть частью корня.