Вода в море сильно опресненная, особенно в удаленных от Датских проливов районах. Причина - многочисленные реки и речушки (почти 250) впадающие в море.
Среди крупных рек можно отметить Неву, Нарву, Вислу, Кемийоки, Западную Двину, Неман, Одру.
Течения в море образуют циклональный круговорот, часто их направление и скорость корректируют ветра.
Приливы в море очень низкие - 5-10 см, однако ветровые нагоны воды, особенно в узких заливах могут превышать 3-4 метра.
Береговая линия Балтийского моря сильно изрезана. Здесь много крупных и мелких заливов, бухт, мысов, кос. Северные берега скалистые, по мере продвижения к югу скалы и камни сменяются песчано-галечными смесями и песком. Здесь берега низкие, равнинные.
Острова материкового происхождения, особенно много небольших скалистых островков в северной части моря. Крупные острова: Готланд, Борнхольм, Сарема.
Балтийское море является внутренним морем бассейна Атлантического океана и расположилось в мелководной впадине между Скандинавским п-вом и Европейским континентом. Системой Датских проливов, через Северное море, Балтийское море Площадь поверхности -386 тыс.кв.км, средняя глубина - 71 м, максимальная - 459 м (котловина Ландсортсьюпет к югу от Стокгольма). Древние славяне называли это море Варяжским.соединяется с акваторией океана. В результате исследования рельефа дна и характера грунтов, ученые пришли к выводу, что в предледниковый период на месте Балтийского моря была суша. Затем, во время ледниковой эпохи, впадина, в которой сейчас расположено море, заполнили льды, процесс таяния которых привел к образованию озера с пресной водой.
Около 14 тыс.лет назад это озеро соединилось с океаном в результате опускания участков суши - озеро превратилось в море. Затем, после очередного поднятия суши в районе Центральной Швеции связь моря с океаном разорвалась, и оно опять превратилось в замкнутый водоем озерного типа.
Примерно 7 тыс.лет назад произошло очередное опускание суши в районе современных Датских проливов и возобновилась связь озера с Атлантикой.